世界は海に沈み、人類は終末を生きていた。蘇毅（スー・イー）もまた、裏切りによって人食い魚の海へ落とされた一人だった。だが、彼は死なない。「海の覇者システム」が目を覚ました瞬間、彼の運命は動き出す。他者の驚愕を食らい、木造船は無限に進化していく。人魚の頭を倒し、闇市場から種を奪い、最強と謳われた北極星艦隊を打ち砕く。しかし、海が世界を覆った理由こそが、すべての始まりだった。 海上に存在する「天空の城」。神を名乗る者たちは、世界を沈めることで“高等な人類”だけを選別していた。その傲慢な天罰が降り注ぐ時、蘇毅は動き出す。原子力空母を駆り、世界中の怒りと信仰を乗せて、凡人の身で神へと挑む。筏が星の海を目指す時、その先に待つのは神か、それとも——彼自身の何かなのか。嵐の果ての真実は、まだ誰も知らない。